Gli ultimi mesi prima di essere ucciso sono i meno documentati nella vita di P. Giovanni. I torbidi, la difficoltà di movimento hanno bloccato anche gli uffici postali. È comprensibile che P. Giovanni non abbia accennato all’evento, anche perché forse non ha ritenuto opportuno, dato che la posta veniva controllata.
Padre Giovanni non era un esaltato, un passionario votato all’eroismo, era un prete cattolico che aveva risposto con grande convinzione e determinazione alla chiamata di Dio. Per lui essere missionari voleva dire consumarsi per portare il Vangelo là, dove l’umanità maggiormente soffre.
Nel 1964 scriveva ai suoi riguardo la situazione della città di Fizi:
“Qua, politicamente tutto è a terra, non c’è nessuna autorità, tutti vogliono comandare. I soldati cominciano ad essere disciplinati e questo ci rende un po’ più tranquilli, la maggior parte della gente ci vuole bene perché vede che vogliamo bene ai loro bambini”
Cerca di tranquillizzare i genitori dicendo che quello riportato dai giornali e la radio è molto esagerato ci sono delle manifestazioni a Fizi ma però c’è ancora calma. Egli quando scriveva queste ultime righe ai suoi genitori forse non sapeva quello che stava accadendo nella pianura o almeno non immaginava la gravità dei fatti.
C’erano dei forti scontri in pianura tra le forze governative e gruppi di ribelli; il 15 maggio 1964 avviene uno scontro tra i ribelli le pochissime forze armate ed i soldati hanno la peggio. Fuggono ma vengono uccisi davanti alle loro case assieme alle loro spose ai loro bambini. I missionari assistono con trepidazione a queste terribili vicende, anche le missioni cattoliche sono ormai circondate dai rivoltosi ed in loro balia.
Padre Giovanni scrive ai suoi cristiani dei villaggi più lontani:
“Vi scrivo per infondervi speranza, siate uomini in piedi, vi raccomando, non perdete il vostro coraggio, Dio è presente in mezzo a voi. Noi padri non andiamo via, piuttosto di abbandonarvi preferiamo morire nella missione”
24 novembre 1964, il capo dei ribelli era uno che si era imposto con il suo estremismo e la sua violenza, in poco tempo si era proclamato colonnello. Aveva poi preparato un’imboscata alle forze governative, ma avevo subito una clamorosa sconfitta in cui erano morti 700 dei suoi uomini e lui si era salvato nascosto sotto i loro cadaveri.
Nei giorni successivi aveva vagato nei dintorni di Fizi e Baraka con alcuni superstiti ubriacandosi e pensando come poter giustificare il suo fallimento. Decise quindi di giustificare la sua clamorosa sconfitta attribuendo la colpa ai missionari, pensando di rivalutare così agli occhi dei suoi seguaci il suo prestigio compromesso.
Era stata così decisa la condanna dei missionari, il 28 novembre questo capo assieme ad alcuni livelli si dirige con la sua Jeep verso la missione di Baraka dove uccide prima fratel Vittorio Faccin e poi Padre Luigi Carrara; non ancora soddisfatto percorre 29 km e verso le 6 di sera raggiunge la missione di Fizi. Scende dalla Jeep e urla “bianco, vieni fuori” Padre Giovanni Didonè esce dalla chiesa e subito viene ucciso con un colpo in fronte, l’abbè Atanasio Joubert che era con lui, tenta di fuggire ma anche lui viene ucciso.
Padre Giovanni aveva messo la sua vita nelle mani di Dio, per questo la sua morte non è stata inutile e continua ad essere sorgente di vita nuova.