Giovanni così realizza il sogno di essere missionario! Entrare nell’Istituto Missioni Estere fondato a Parma da S. Guido Maria Conforti, poco più di cinquant’anni prima, voleva dire avere la certezza di lasciare la propria patria per recarsi presso altri popoli per il “primo annuncio” del Vangelo.
La sua domanda di entrare tra i Saveriani venne accettata ed entrò in noviziato a S. Pietro in Vincoli (RA) il giorno 11 Ottobre 1950.
Dopo un anno d’intensa preparazione, emette la professione religiosa nella congregazione saveriana, il 12 ottobre 1951, in San Pietro in Vincoli, allora sede del Noviziato.
Subito dopo, per iniziare gli studi liceali, si trasferisce con i compagni a Desio. Agli inizi del 1958 ritroviamo Giovanni a Piacenza, nella casa saveriana di santa Chiara, in quel tempo sede degli studi di teologia.
Il 20 settembre dello stesso anno, presenti i genitori e i fratelli, Giovanni Didonè riceve il diaconato dalle mani di monsignor Battaglierin.
Il giorno tanto aspettato, quello dell’ordinazione sacerdotale, arriva il 9 Novembre 1958 a Parma.
Scriveva così qualche settimana dopo alla sorella Tecla:
“E… che cosa dovrei dirti se non che la mia preghiera preferita e spontanea dal 9 novembre è il Magnificat. Mai mi sono sentito così grande, mai così piccolo. Quando ci penso sul serio mi viene da piangere. Ciò che provo salendo l’altare non te lo posso, non riesco a descrivertelo, prega perché non mi abitui mai a celebrare la S. Messa e non mi abitui mai ad essere prete. Mai sono convinto come in questi giorni che solo per l’infinita bontà e Misericordia di Dio oggi sono quello che sono. E se sono quello che sono è per Maria, a lei ogni onore e ogni gloria. Fino a poco tempo fa tu mi eri vicino con la preghiera a e il sacrificio, perché arrivassi finalmente in porto, ora aiutami a vivere questa nuova vita più divina che umana affinché (come dice giustamente il nostro P. Spirituale) possa fare meno male possibile alla Chiesa di Gesù”.
Era un tempo in cui i numeri dei novelli sacerdoti erano ben diversi…
In seguito il 16 novembre 1958 celebra la sua prima messa a Ca’ Onorai